Als die Verheerung das erste mal über Hyrule hereinbrach setzte der Stamm der Sheikah sich gegen sie zu Wehr und verteidigte sowohl den eigenen Stamm als auch die Königsfamilie.
Doch als Ganon immer mächtiger wurde bekamen viele der Sheikah Angst. Sie stellten ihr eigenes überleben über das ihres Stammes oder der Königsfamilie. Sie schlossen ein Bündnis mit Ganon und waren nun ihm treu ergeben und nicht mehr der Königsfamilie.
So spaltete sich das Volk der Sheikah. Diejenigen, die sich dem bösen anschlossen, nannten sich von da an Yiga-Clan.
 

Im Laufe der Jahre eigneten sich die Mitglieder des Yiga-Clans einige spezielle Taktiken an, von denen manche nur mit Magie funktionieren.

So können sich alle Yiga sich teleportieren, die Klingenmeister sind sogar dazu in der Lage, den Boden zu spalten und kleine Erdspalten zu öffnen.
Es gibt eine Sache die man wohl kaum von den Yiga erwarten würde, sie lieben Bananen über alles. Wenn sie ein Lebensmittel wählen müssten, von dem sie sich ihr gesamtes Leben lang ernähren müssten, wären es Bananen.